教会の始まりは、戦前からこの地域で英国聖書協会の聖書普及員として活動をしていた鎌田吉平氏個人の働きによります。およそ40年の聖書普及活動を全国に展開していましたが、引退後は牧師となり、単立の教会として「神戸カナンキリスト教会」の看板を掲げて奉仕していました。1969年に基督兄弟団の牧師であった滝伍平牧師を迎えて、働きが引き継がれました。翌年1970年（昭和45年）に法人登記がなされて「宗教法人基督兄弟団カナン教会」として設立され、新たな時代を迎えました。
その後、ある時期から主任牧師の滝伍平牧師のもとに副牧師として何名かの若い牧師が教団から任命を受けて教会の働きを助けてきました。以前は教団の引退制度がなかったことから、牧師は生涯現役で奉仕をしたものですが、滝伍平牧師も96歳まで現役で奉仕されました。その時はすでに主任牧師は鵜飼克巳牧師（西播磨めぐみ教会を兼任）、その翌年4月から現在まで瀬戸偉作牧師、及び瀬戸臨牧師（いずれも尼崎教会を兼任）が担当しています。